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分子生物学分析软件(ntsyspc)

分子生物学分析软件(ntsyspc)是款专业的分子生物学分析工具。分子生物学分析软件(ntsyspc)使用简单,功能强大,能够进行生物群体聚类分析及相似性分析,分析rflp、rapd等电泳带型,计算遗传距离分析聚类树绘图。

 

分子生物学分析软件(ntsyspc)使用说明:

一、数据的处理

1、读板

2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列,eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表。

3、再把上表列成NTSYS能识别的格式,eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——(有带读1、无带读0、缺失读999)。

注:一般情况下不只是satt140一个引物,而是多个引物,则应该把各个引物的如上数据合成在一个工作簿中,并只保存一个工作表sheet1,输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘,如下图——(这样就可以用NTSYS-pc分析。

二、NTSYSpc用法

1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=10表示扩增的总条带数,C1=5表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。

输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注:这里的B1和C1颠倒,应该在qualitative data一步中选by rows)

2、生成系统树:打开NTSYS-PC程序,点击similarity

点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击compute按钮。继续点击clustering,再点SHAN。

点击input file,打开文件A,点击out file起一个文件名(假设叫B),然后点击compute按钮。然后点Graphics,再点tree plot,点击input file,打开文件B,然后点击compute按钮,就会出现聚类图。

3、生成遗传相似度表:

点File中的Edit file,打开文件A,再点compute按钮,就会得到遗传相似度表。

这个软件的功能很强大,但我也只会做聚类图和遗传相似度,如果其他朋友还会使用其它功能,请多交流。

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